El Programa Velasco inicio en Diciembre de 2007 como un programa de becas para niños matriculados en la guardería de la Asociación Nuevo Amanecer de El Salvador (ANADES) conocida Centro Hogar. Centro Hogar enfrento una crisis financiera al tratar de subsistir por sus propios medios y a la vez ofrecer colegiaturas de bajo costo a las familias que vivían en extrema pobreza. En aquel entonces, Juan Velasco, un profesor de la Universidad Santa Clara vivió en El Salvador y dio clases en el programa de estudios en el extranjero llamado la Casa de la Solidaridad. Annie Boyd, una amiga cercana de Juan y ex-alumna de la Casa, trabajaba dentro de la Casa y además como trabajadora social en Centro Hogar.

Dada la situación financiera que enfrentaba Centro Hogar y las familias de la comunidad, Juan y Annie quisieron crear una oportunidad para que mas niños pudiesen asistir a Centro Hogar y a la vez compartir la experiencia de El Salvador con la comunidad internacional. Para lograr la sostenibilidad de Centro Hogar y colegiaturas accesibles para las familias, Juan ofreció una beca para un niño. Además animo a sus familiares y amigos para que patrocinaran la beca de mas niños. Al pasar el tiempo, mas niños empezaron a llegar a Centro Hogar y mas miembros de la comunidad internacional se involucraron en el programa. Para honrar la iniciativa de Juan, el equipo de Centro Hogar le dio su nombre al programa. Desde 2008 el Programa Velasco ha apoyado a mas de 30 niños por año a través de la contribución de patrocinadores y muchos donantes de los Estados Unidos, Canadá y España.

Juan y Annie siguieron buscando formas para que el Programa Velasco pudiese responder de mejor manera a las necesidades de la comunidad y proveer una experiencia educativa integral para los niños y sus familias. En 2009, la Universidad de Sevilla en España otorgo a ANADES y Programa Velasco un subsidio para crear un proyecto de ahorro y préstamo para mujeres. Ese mismo año, los padres formaron parte de otro proyecto: el Programa de Formación y Desarrollo Personal. Estos proyectos junto al programa de becas proveen una red completa de apoyo y empoderamiento para las familias.

En 2010, el Programa Velsco continua creciendo y desarrollándose para convertirse en un programa fuerte e importante dentro de Centro Hogar y la comunidad internacional. Gracias a la ayuda de la junta directiva del Programa Velasco integrada por Juan Velasco, Cynthia Mertens y Luis Caldero, SJ. El programa se convertirá legalmente en una organización sin fines de lucro en los Estados Unidos con categoría 501(c)3 excempta de impuestos.